Согласно Постановления Правительства Кыргызской Республики от 12 января 2012 года № 12 Государственная служба интеллектуальной собственности Кыргызской Республики преобразована в Государственную службу интеллектуальной собственности и инноваций при Правительстве Кыргызской Республики.

Преобразование произошло в связи с утверждением новой структуры Правительства Кыргызской Республики и в соответствии с постановлением Жогорку Кенеша Кыргызской Республики “О структуре Правительства Кыргызской Республики” от 23 декабря 2011 года N 1452-V.